【概述】
在地球的洪荒時代，天地精氣孕集，陰陽融合，出名而自知名始，兩儀生四象，四象生八卦......打住！反端正過龐雜到沒人說得清楚的物理化學反映後，地球上入手下手生長生命之樹，一級一級地産生各種各樣的生物，分散于地球的海洋、海洋與天外，使天地之間足夠了生機。終于有一天生命之樹生長到了最頂點，陽氣精華與陰氣精華各自凝結成爲Adin the morning（亞當）與Lilith（利利斯），Adin the morning是雄體而Lilith是雌體的最高形式生物。在他們“禁斷的融合”後 Lilith産生了一個“Lilith之卵即黑之月”，從中進而産生了十八個使徒，其中十七個獲得了生命之果。不知是不是由于生命之樹上生命之果隻長着十七個，第十八使徒隻能支吾獲得了聰慧之果，于是A.T.Field的氣力單薄，不敷以維持一個總樣式，隻能分化分化以不同的樣式保存着，這就是——人類。生命之樹從此也不再保存，但生命之樹中的“光和水”，即能量與傳輸精神，組成了人類的靈魂。末了生命之樹隻剩下一點點沒爛掉的根根須
須，成爲後世所稱的郎基奴斯長槍。Adin the morning、Lilith及二到十七号使徒均進入了休眠形态，而仍處蒙昧的人類則分道揚镳，其中有一些智者還知道已經發生過的事情，這些事情被作爲傳說寫進了死海文書，大概還被寫進了山海經也說不定的.......
時間飛奔，當年的第十八使徒——人類，腳印行蹤已經遍步地球，依附聰慧發展出高度興隆的文明，并以世界的仆人自居。然則“心的屏障”使人與人之間産生隔膜，心靈中足夠冷漠與悲傷，孤寂感唆使人類入手下手尋找新的生存之道......公元1947年，在約旦溪谷的洞窟中，一些吉普賽人無意偶爾發現了死海文書，震恐了考古學界。其破譯事務持續了很多年，終于取得獲勝。其記載形式令人震恐，公務文書.不但指出人類與使徒的起源，還指出另日某一時刻由Adin the morning與Lilith所生的必将奉還本體，重再生長出世命之樹并産生新樣式的生命體。在這一曆程中，人類和使徒，哪一方控制Adin the morning是至關重要的，由于遺傳因子都從Adin the morning而出（所以Adin the morning也稱作第一使徒、起先的人），控制Adin the morning的一方回歸Lilith之卵後，便能夠成爲再生命樣式，或者說就是成爲神，而腐化的一方唯有死亡（赢的一方盡管也得死但靈魂獲得拯救呵呵）。于是在這個商定時刻到來之前，使徒一定會複蘇來與人類爲敵，人類要順遂完成回歸就必需在此之前消滅全部使徒。
上帝說，我會回來的，當我回來時，我要湮滅這個世界！
挪亞遵從上帝的旨意建造了方舟，使地球上的生命從大洪水中存活了上去。這次大洪水是上帝的刑罰，被稱爲第一次沖擊。從考古學的角度來說，遠古确實有過一次湮滅了世界上大局部人口和許多史前文明的大洪水，并留存于世界上各個民族的傳說中。
公元2000年8月，葛城考察隊抵達南極，他們發現的巨小孩兒形生命體，實際上是Adin the morning與Lilith的融合體。葛城的計劃是攫取或控制Adin the morning與 Lilith的S^2機關，将Adin the morning與Lilith分離并縮短後用于人類未來的補完計劃。但是有件事他不知道，Adin the morning與Lilith不論是融合還是分離都會開釋巨大的爆炸能量和反ATField力，這就與核聚變與核裂變都會産生大爆炸與沖擊波的原理一樣，隻是爆炸當量不同。所以盡管Adin the morning與 Lilith分離所造成的災難不會死亡全部人類，但卻将殺死地球上的一半人口。而十六年後的第三次沖擊是Adin the morning與Lilith的重新融合，整個世界都将再災害逃了。
全無所聞的葛城繼續他的分離實驗，乃至将自己的女兒也帶在身邊。九月十二日，獲得Seele指示的碇源渡帶領原料離開南極，第十八.第二天實驗便以一場大爆炸告終。健旺的反ATField力喚醒了第二使徒，即那張含混的照片上收回白光的偉人，它張開的巨大翅膀覆蓋了整個南半球，魔鬼般的咆哮聲中南極化爲一片血海，巨大的海嘯數小時内就淹沒了大片海洋，使數以億計的人喪生。在這場末日災難中，唯有葛城美理被其父親努力挽回逃脫，碇源渡随後前往南極乘隙救起了她。但碇源渡的主要方針是回收Adin the morning、Lilith、第二使徒，唯有朗基奴斯槍被留了上去（患上失語症的葛城美理被關在一艘南極考察船上近兩年，似乎回收事務持續時間很長）。第二次沖擊惹起的連鎖災難直到2002年才漸趨平靜上去。地球上的氣候也變得怪異，如日本就變成全年皆夏，不論何時都聽到蟬的叫聲，這恐怕是由于地軸偏轉的緣故。
Seele從死海文書中知道第二次沖擊喚醒的不光是第二使徒，實際上完全使徒都已複蘇，隻是它們還必要一段時間來積貯能量（第二使徒就是由于能量不敷而被制服）。Seele經過偵察還發現，沖擊發生那一天有一個孩子誕生時有怪異的形勢陪伴發生，這個孩子的名字叫做渚薰，于是連忙将他監控起來。這個孩子盡管被教育成特殊有素養有魅力的人，但是他時時刻刻都沒有忘掉自己的真實身份與誕生方針，那是他自在與死亡的宿命..........
亞當問上帝，爲什麽塵凡萬物獨有我如此孑立？于是上帝取他的肋骨制造了夏娃。
公元1997年2月23日，生物退化史上第一隻體細胞無性克隆哺乳植物多莉羊誕生。
人類對自己手中具有了神的氣力感到怯怯喬喬，但也有人喊出了踢翻上帝寶座的誓詞：
Godwis in his heaudio-videoen. . .ingrights with the world！——Seele座右銘
公元2004年，三歲的碇真嗣被帶到位于箱根的工錢退化研究所（GEHIRUN的對外稱号）公開第二實驗場，親眼眼見了自己的母親在初号機中化爲次量子形态（同步率百分之四百）。不久之後，碇源渡将小真嗣托付給了住在遠方的一位老師，父親絕情離去的背影成爲了真嗣心中的惡夢，在長大後仍連接躍出腦海......
但他并不知道父親與其面前的Seele正在處置的浩蕩事務。死海文書.第二次沖擊後，位于日本相模灣邊的箱根地域下的巨大球形空間内，成百萬噸的沙土被移走，地表中裝配了二十二層裝甲防護，可謂是堅不可摧，人類退化研究所就以此爲基地，Lilith則被釘在了更深地層下的中央教條區中。作爲人類補完計劃的補助，平行實行了E計劃，從南極運來的已經遺失S^2機關的第二使徒被裝上了約束裝甲，成爲人類未來補完的重要工具——EVA初号機，并且對其舉行仿制獲得了一部沒有靈魂的EVA零号機。然則沒有靈魂同步的EVA便無法使用，獨一的主見是提取Lilith的靈魂精神制造了一個具有使徒能力的克隆人，并使其聽命于人類。
與此同時，人類補完計劃與E計劃的主要實行者之一的碇唯卻在漆黑計劃反叛seele，她試圖挽救人類渡過未來的第三次沖擊，于是行使初号機融合實驗的時機，自動使自己的靈魂完全融合進了這部補完計劃的重要工具中。源渡對碇唯此舉深感震恐，但他很快入手下手因利乘便實行自己的一套補完計劃，将零号機克隆人的 Lilith靈魂精神中摻入碇唯的粒子體，乃至使其相貌也模 馬 唯，這一制造曆程是始末Dummy System殺青的，始末這個編制能夠由一個主體克隆出有數個分身，分享同一個靈魂。于是，The First Children——零号機專屬駕駛員——淩波麗誕生了。完全屈服源渡的她，将剛剛制造完成MAGI超級電腦的赤木博士一頓臭罵後隕命，而被行使完畢的赤木博士也随之自裁身亡。另外一個被行使的人是EVA二号機的研制員，她的靈魂被二号機強行剝奪了一局部招緻其元氣分裂，其女明日香則被選爲The Second Children——建造中的二号機專屬駕駛員。對源渡來說二号機難以控制，乃至可能是Seele安放在他身邊的制衡氣力，于是他試圖将最重要的初号機交給自己的兒子以便控制。但将真嗣選爲The Third Children卻必定招至Seele破壞，于是源渡不得不耐煩期待時機。
公元2015年6月14日下午12時30分，第三使徒出現，向人類的要塞都市——第三新東京市襲來，關東濱海區全戒嚴，戰略防身隊機甲部隊及N2雷（即No Nuclear無核武器，但能力不亞于核炸彈）攻擊均宣告有效。源渡的時機終于到了，真嗣正在前來NERV的路上...........
【詳解】
動畫篇
20年來，日本的動畫産品數見不鮮，不過能惹起廣泛社會會商的能有幾部呢？由GAINAX制作的《新世紀福音兵士》（Neon Genesis Eva majorgelion／新世紀エヴァンゲリオン）就是這樣一部作品。GAINAX起先是一個由專業動畫喜好者成立的公司，其産品《王立宇宙軍》、《超過巅峰》（Gunreliever）、《不可思議的海之娜丁娅》等均獲得好評。然則《新世紀福音兵士》這部怪胎則引來了一片表揚和嘲罵之聲。表揚的說這部動畫的美工麗都、配音雅緻、分鏡獨具匠心，是部從頭到腳都足夠着譬喻的深沉作品。嘲罵的說這部動畫沒有形式、東倒西歪、有始無終、不知所雲，是GAINAX意欲再度騙錢的“新世紀撈錢法”，是監視庵野秀明私人呈現的結果。（EVA，監視造出的東西；GAINAX，監視事務的位置；監視是啥？玩弄觀衆的人）有人入手下手回頭認真的去考究起基督宗教的實際，有人則在屏幕上用了绫波麗的桌面。确實，這部動畫使用了許多宗教方面的設定，形式艱澀難懂，不看完不知道什麽意思，看完就有了更多的疑問。别的作品是謎題随着劇情發展連接解開，可這部作品是随着話數的擴展舊謎題不見得解開，新謎題反而暴增。很可能到末了的末了，你還是搞不清楚劇中的人事物到底是什麽，到底在做什麽，到底在想什麽。當看到監視庵野秀明的訪談群情之後，你也許忍不住要預料：“這人，到底說了幾分實話、幾分謊言？”看着這部片，你可能會疑心，是制作群蓄謀要“攻”他人的“殼”，還是其實是自己已經入手下手在外部崩壞了呢？
GAINAX于1996年11月發布了EVA将制作電影版的信息，并在1997年1月入手下手販賣含海報、電話卡和預告錄影帶的電影預售票。這部叫做《死與再生》（DEATH &firm; REBIRTH）的電影版号稱将由60分鍾的電視版總集篇和60分鍾的第25、26話重制版組成。然則，在上映前夕突然由庵野監視在銀座的東映大樓召開告急記者會，傳播鼓吹由于劇情長度和完成度上的哀求，原定一集結束的電影版将會分紅兩部上映，第二集将在夏地下映。固然這樣意味着GAINAX能夠賺上兩次，但由記者會上庵野監視一副快變成奧姆道理教教主麻原彰晃的樣子（固然他可能也有這種傾向）看來，他所說的“天堂還要延續到夏天”的制作苦境該當不假。此言一出舉衆大嘩，但《死與再生》上映時如故極爲顫動。據NEW TYPE的采訪報道，EVA迷們在售票的前一日就入手下手排滋長隊期待購票。3月15日，從早上入手下手下着小雨，在東京與新宿的公映場地，齊集了7000名左右的EVA迷，其中3500人是徹夜等候。第一部《死與再生》（シド再生），于1997年3月15日首映，分兩部份，包括了72分鍾的電視版總集篇（DEATH）和27分鍾的新劇情（REBIRTH），其中REBIRTH相當于真正的電視版第25話。在厥後的WOWOW衛星電視台中播放的《死與再生》則是有所删改的TRUE版。第二部THE END OF EVANGELION《Air/真心爲你》（Air/まごこる、君に）于4個月後的7月19日公映，也分兩部份，《Air》是《死與再生》的新劇情 REBIRTH，《真心爲你》是第三次沖擊的大結局，相當于真正的電視版第26話。至《Air/まごこる、君に》爲止，EVA的故事全部完結。
電視版放映完後，《新世紀福音兵士》又發行了錄像帶版。形式上，它與電視版有少許不同之處，此外還編輯了叫做IN THE BEGINNING的總集編，使徒.收錄了貞轉義行與庵野秀明等制作人員的創作思想，頗有保藏價值。1996年的日本動畫錄像帶版市場遭到迪斯尼作品相當大的沖擊，進入出售量前十名的實在全都是《風中奇緣》之類的迪斯尼大作。日外國産動畫，唯有《新世紀福音兵士》上榜并位于首位。錄像帶版在1996年共售出了 90萬盒。
接着出現的是“賜予生命之樹”（The tree of life），其最下端的圓輪内标“Adonai”，爲上帝的另一稱謂。其下十片羽翼，代表造物主用以彰顯自己的十個溢出階段或十種大能（稱Sefira，單數型爲Sefirot或Sephiroth），每一個Sefira代表上帝的一個方面，法律文書.依序爲：至高冠冕，慧，智，愛，大能，美，長期，威，根柢及王權。其上的十個圓輪，有的标“Elogoodness me”或标示“Elohim”，其意皆指上帝。此十圓輪亦代表十個Sefira，若仔細觀看，能夠發現每一杈枝上亦标有“Sefirot”或“Sephiroth”。（參見用語篇中的“卡巴拉生命樹”）